Dipl.-Inf. Thorsten Schmidt
	Chair of Pattern Recognition and Image Processing Institute for Computer Science Albert-Ludwigs-University Georges-Koehler-Allee 052, room 01-021 D-79110 Freiburg i.Br., Germany
	Phone:	+49-(0)761-203-8266
	Fax:	+49-(0)761-203-8262
	Email:

Scientific Interests

• Digital pre-processing of microscopic data
• Quantitative image analysis in Systems biology
• Feature based analysis of dynamic biological processes

Projects

• Statistic modelling of the Root Apical Meristem in Arabidopsis thaliana

Publications

Conference Papers

• Fast Scalar and Vectorial Grayscale Based Invariant Features for 3D Cell Nuclei Localization and Classification
  Janina Schulz, Thorsten Schmidt, Olaf Ronneberger, Hans Burkhardt, Taras Pasternak, Alexander Dovzhenko and Klaus Palme
  In DAGM '06 Annual Pattern Recognition Symposium, September 2006, Berlin, Germany (DAGM Prize) [pdf]

Diploma Thesis

• Automatic selection of optimal Kernel functions for grayscale invariants [pdf]
  (Original title: Automatische Selektion von optimalen Kernfunktionen für Grauwertbasierte Invarianten)

Student Research Project

• Development of preprocessing techniques (Deconvolution, etc.) for fluorescence microscopic 3-D volume data for enhancement of subsequent recognition using grayscale invariants [pdf]
  (Original title: Entwicklung von Vorverarbeitungsverfahren(Enfaltung, etc.) für fluoreszenzmikroskopische 3D Volumendaten zur Verbesserung der Nachfolgenden Erkennung Mittels Grauwertbasierter Invarianten)

Teaching

Lectures

• Grundlagen der Mustererkennung (KV) WS 2008/09

Seminars

• Biometrie - Methoden zur Iris-, Fingerabdruck- und Gesichtserkennung WS 2005/06
• Robotergestützte multimodale Erfassung, Rekonstruktion und Erkennung dreidimensionaler Objekte SS 2006
• Proseminar: Image Processing Toolbox mit ImageJ WS 2006/07, WS 2008/09
• Methoden und Algorithmen zur Bildsegmentierung SS 2007, SS 2009

Lab-Sessions

• Bildverarbeitungspraktikum I WS 2005/06, WS 2006/07, WS 2007/08, WS 2008/09
• Bildverarbeitungspraktikum II SS 2006, SS 2007, SS 2008, SS 2009

Supervised theses:

• Diploma Thesis: Markerbasierte Registrierung mikroskopischer Zeit-Aufnahmen von Arabidopsis Thaliana mit Hilfe lokaler geometrischer Merkmale
  Matthias Schmieder, June 2008 - December 2008
• Student research Project: Detektion und Verfolgung fluoreszenzmarkierter biologischer Nanostrukturen
  Matthias Schmieder, October 2007 - April 2008
• Student research Project: Quantitative Analyse mikroskopischer Aufnahmen von Moos-Protoplasten
  Matthias Schlachter, November 2006 - May 2007