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Universität Freiburg - Institut für Informatik
Lehrstuhl für Mustererkennung und Bildverarbeitung (LMB)
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    |  |-Prof. Dr.-Ing. Hans Burkhardt
    |  | Secretary:
    |  |-Cynthia Findlay
    |  | Research Ass.:
    |  |-Nikos Canterakis
    |  |-Robert Bensch
    | [+]Janis Fehr
    |  |-Margret Keuper
    |  |-Lingyu Ma
    |  |-Marco Reisert
    |  |-Olaf Ronneberger
    |  |-Thorsten Schmidt
    |  |-Janina Schulz
    |  |-Henrik Skibbe
    |  |-Maja Temerinac
    |  |-Alexandra Teynor
    |  |-Qing Wang
    |  |-Wan Nural Jawahir
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    |  |-Dominik Ruess
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Homepage of Olaf Ronneberger


Photo of Olaf Ronneberger Dr. Olaf Ronneberger

Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
Institut für Informatik
Lehrstuhl für Mustererkennung und Bildverarbeitung
Georges-Köhler-Allee 52
D-79110 Freiburg

Tel: +49-(0)761-203-8285
Fax: +49-(0)761-203-8262
Email:

Scientific Interests

  • 3D invariants
  • Object recognition in 3D volumetric data
  • Microscopical object recognition
  • Computer enhanced microscopy (structured light techniques, deconvolution, etc.)
  • Automated pollen recognition

Projects

  • BMBF-Project OMNIBUSS (Online-Monitoring Nicht toxischer, Inhalativallergener Bioaerosole und Sonstiger Staubkomponenten)
  • BMBF-Project OMIB (Online-Monitoring and Identification of Bioaerosols)

News

17.3.2005: The first prototype of our Pollenmonitor, developed within the OMNIBUSS project was presented in a 6 minute long report in 3sat "nano". Thanks to the journalist Michael Ringesiep for this great work and for providing a digital version of this report:

Supervised Master thesis ("Studien- und Diplomarbeiten")

Apr 2007 Mario Emmenlauer
"Feature- und Deformationsmodell-basierte Registrierung von 3D Volumendaten von Zebrafischen"
Diplomarbeit
Feb 2007 Margret Keuper
"Robuste invariante Merkmale zu Analyze und Vergleich von Chromosomenterritorien in Zellkernen"
Diplomarbeit
Aug 2006 Tonio Triebel
"Automatische Wahl von hochspezifischen Kernfunktionen anhand von registrierten Trainingsdaten"
Diplomarbeit
Dez 2005 Janina Schultz
"Lokalisierung von Zellkernen und Bestimmung ihrer Mitosephase in konfokalen 3D-Aufnahmen von Arabidopsis thaliana"
Diplomarbeit
Aug 2005 Rafael Baumgartner
"Erkennung von Pollen in Honig-Proben"
Diplomarbeit
Nov 2004 Janis Fehr
"Lokalisierung und Erkennung von Zellkernen in Gewebeschnitten"
Diplomarbeit
Mai 2004 Christoph Keller
"Klassifikation von Bewegungsmustern bei C. Elegans mit verschiedenen genetischen Defekten"
Studienarbeit
Apr 2004 Thorsten Schmidt
"Automatische Selektion von optimalen Kernfunktionen für Grauwertbasierte Invarianten"
Diplomarbeit
Jan 2004 Anselm Vossen
"Optische Schnitte mit Hilfe strukturierter Beleuchtung"
Studienarbeit
Dez 2003 Thorsten Schmidt
"Entwicklung von Vorverarbeitungsverfahren für fluoreszenzmikroskopische 3D Volumendaten zur Verbesserung der nachfolgenden Erkennung mittels grauwertbasierter Invarianten"
Studienarbeit
Okt 2003 Rafael Baumgartner
"Erkennung von verschiedenen Zellkernen in konfokalen Laser Scanning Aufnahmen mittels grauwertbasierter Invarianten"
Studienarbeit

Software

  • liblmbcam -- C++ library providing interfaces for digital cameras
  • libsvmtl -- a Support Vector Machine Template Library
  • XuvTools -- fast and reliable stitching for large 3D datasets

Publications

(last update: 19.5.2008)

[25] O. Ronneberger, Qing Wang, and Hans Burkhardt
"Fast and robust segmentation of spherical particles in volumetric data sets from brightfield microscopy"
Proceedings of the Fifth IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI' 08), 2008 Paris
[24] O. Ronneberger, D. Baddeley, F. Scheipl, P. .J. Verveer, H. Burkhardt, C. Cremer, L. Fahrmeir, T.Cremer and B. Joffe
"Spatial quantitative analysis of fluorescently labeled nuclear structures: problems, methods, pitfalls"
Chromosome Research (2008) Vol16 pp. 523-562 (doi:10.1007/s10577-008-1236-4)
[23] Fehr, J., Ronneberger, O., Schulz, J., Schmidt, T., Reisert, M. & Burkhardt, H.
"Invariance via Group-Integration: A Feature Framework for 3D Biomedical Image Analysis"
Computer Graphics and Imaging (CGIM), 2008 Innsbruck, Austria (URL)
[22] O. Ronneberger
"3D invariants for automated pollen recognition"
PHD thesis, Albert-Ludwigs university of Freiburg, 2007 (URL, pdf)
[21] M. Emmenlauer, O. Ronneberger, M. Temerinac, H. Burkhardt, A. Filippi, R. Nitschke and W. Driever
"Fast Automatic Recombination of Multiple 3D Datasets for Large Volumes and High Dynamic Range (HDR)"
49th Symposium of the Society for Histochemistry 2007, Freiburg, Germany
[20] O. Ronneberger, Q. Wang and H. Burkhardt
"3D invariants with high robustness to local deformations for automated pollen recognition"
Pattern Recognition -- Proceedings of the 29th DAGM Symposium 2007 Heidelberg, LNCS 4713/2007, Springer, pp. 425-435 doi:10.1007/978-3-540-74936-3_43
[19] M. Reisert, O. Ronneberger, and H. Burkhardt
"Holomorphic filters for object detection"
Pattern Recognition -- Proceedings of the 29th DAGM Symposium 2007 Heidelberg, LNCS 4713/2007, Springer, pp. 304-313 doi:10.1007/978-3-540-74936-3_31
[18] M. Reisert, O. Ronneberger, and H. Burkhardt
"A fast and reliable coin recognition system"
Pattern Recognition -- Proceedings of the 29th DAGM Symposium 2007 Heidelberg, LNCS 4713/2007, Springer, pp. 304-313 doi:10.1007/978-3-540-74936-3_42
[17] S. Scharring, A. Brandenburg, G. Breitfuss, H. Burkhardt, W. Dunkhorst, M. v. Ehr, M. Fratz, D. Giel, U. Heimann, W. Koch, H. Lödding, W. Müller, O. Ronneberger, E. Schultz, G. Sulz, and Q. Wang.
"Online Monitoring of Airborne Allergenic Particles OMNIBUSS."
In J. Popp, and M. Strehle. Biophotonics: Visions for Better Health Care., pages 31-88, 2006.

[16] M. Reisert, O. Ronneberger and H. Burkhardt.
"An Efficient Gradient Based Registration Technique for Coin Recognition."
Proceedings of the Muscle CIS Coin Competition Workshop, Sep.11, 2006, Berlin, Germany, pages 19-31, Berlin, Germany, 2006.
Competetion winning program! (pdf)

[15] J. Schulz, T. Schmidt, O. Ronneberger, H. Burkhardt, T. Pasternak A. Dovzhenko and K. Palme.
"Fast Scalar and Vectorial Grayscale Based Invariant Features for 3D Cell Nuclei Localization and Classification."
Proceedings of the 28th Pattern Recognition Symposium of the German Association for Pattern Recognition (DAGM06), Berlin, Germany, 2006
DAGM-Award!
(pdf)

[14] K.-D. Peschke, B. Haasdonk, O. Ronneberger, H. Burkhardt, P. Rösch, M. Harz, J. Popp.
"Using transformation knowledge for the classification of Raman spectra of biological samples."
Proceedings of the fourth IASTED International Conference on biomedical engineering (BioMED 06) 2006.
(pdf)

[13] J. Popp, P. Rösch, R. Petry, S. Hofer, A. Schüle, G. Schmauz, M. Lankers, H. Burkhardt, O. Ronneberger, K.-D. Peschke.
"Verfahren und Vorrichtung zur Detektion und zum Identifizieren von Biopartikeln."
Deutsches Patent Nr. 10 2004 008 762, 27.12.2005.
[12] M. Harz, P. Rösch, K.-D. Peschke, O. Ronneberger, H. Burkhardt, J. Popp.
"Micro-Raman spectroscopical identification of bacterial cells of the genus Staphylococcus in dependence on their cultivation conditions."
The Analyst, vol. 130(11), pages 1543-1550, 2005.

[11] J. Fehr, O. Ronneberger, H. Kurz and H. Burkhardt.
"Self-Learning Segmentation and Classification of Cell-Nuclei in 3D Volumetric Data using Voxel-Wise Gray Scale Invariants."
In Proceedings of the 27th DAGM Symposium, in number 3663 LNCS, Springer, Vienna, Austria, 30.8 - 2.9. 2005.
(pdf)

[10] O. Ronneberger, J. Fehr and H. Burkhardt.
"Voxel-Wise Gray Scale Invariants for Simultaneous Segmentation and Classification."
In Proceedings of the 27th DAGM Symposium, in number 3663 LNCS, Springer, Vienna, Austria, 30.8 - 2.9. 2005.,
DAGM-Award!
(pdf)

[9] P. Rösch, M. Harz, K.-D. Peschke, O. Ronneberger, H. Burkhardt, H.-W. Motzkus, M. Lankers, S. Hofer, H. Thiele, J. Popp.
"Chemotaxonomic Identification of Single Bacteria by Micro-Raman Spectroscopy: Application to Clean-Room-Relevant Biological Contaminations."
Applied and Environmental Microbiology, Vol. 71, Pages 1626-1637, 2005.
(pdf)

[8] O. Ronneberger and J. Fehr and H. Burkhardt.
"Voxel-Wise Gray Scale Invariants for Simultaneous Segmentation and Classification -- Theory and Application to Cell-Nuclei in 3D Volumetric Data."
Internal Report 2/05, IIF-LMB, University Freiburg, Germany, Apr. 2005.
(pdf)

[7] O. Ronneberger, H. Burkhardt, and E. Schultz.
"General-purpose Object Recognition in 3D Volume Data Sets using Gray-Scale Invariants - Classification of Airborne Pollen-Grains Recorded with a Confocal Laser Scanning Microscope."
In Proceedings of the International Conference on Pattern Recognition, Quebec, Canada, September 2002. (pdf)

[6] O. Ronneberger, E. Schultz, and H. Burkhardt.
"Automated Pollen Recognition using 3D Volume Images from Fluorescence Microscopy."
Aerobiologia, 18 pages 107-115, 2002. (pdf)

[5] J. Kompenhans, M. Raffel, L. Dieterle, T. Dewhirst, H. Vollmers, K. Ehrenfred, C. Willert, K. Pengel, C. Kähler, A. Schröder und O. Ronneberger
"Particle image velocimetry in aerodynamics: technology and applications in wind tunnels."
Journal of Visualization 2, Nos 3/4 229-244, 2000

[4] O. Ronneberger, M. Raffel und J. Kompenhans
"Advanced evaluation algorithms for standard and dual plane particle image velocimetry."
In: 9th international symposium on applications of laser techniques, Lissabon, 13. - 16. Juli, 1998. (pdf)

[3] O. Ronneberger
"Messung aller drei Geschwindigkeitskomponenten mit Hilfe der "Particle Image Velocimetry" mittels einer Kamera und zweier paralleler Lichtschnitte."
Forschungsbericht DLR-FB 98-40, ISSN 1434-8454, Deutsches Zentrum für Luft- und Raumfahrt, 1998

[2] O. Ronneberger
"Messung aller drei Geschwindigkeitskomponenten mit Hilfe der "Particle Image Velocimetry" mittels einer Kamera und zweier paralleler Lichtschnitte."
Diplomarbeit am Institut für Nichtlineare Dynamik, Georg-August-Universität Göttingen. 1998 (pdf)

[1] M. Raffel, M. Gharib, O. Ronneberger and J. Kompenhans
"Feasibility study of three-dimensional PIV by correlating images of particles witthin parallel light sheets".
Experiments in Fluids 19 69-77, 1995 (pdf)