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Universität Freiburg - Institut für Informatik
Lehrstuhl für Mustererkennung und Bildverarbeitung (LMB)
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Ehemaliger wissenschaftlicher Mitarbeiter
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Mario Emmenlauer Dipl. Inf. Mario Emmenlauer
Adresse LMB, Freiburg (alt):
Lehrstuhl für Mustererkennung und Bildverarbeitung
Albert-Ludwigs-Universität
Georges-Köhler-Allee 052, Raum 01-017
D-79110 Freiburg i.Br.
Adresse Bitplane AG, Zürich (aktuell):
Bitplane AG
Badenerstrasse 682
8048 Zürich, Schweiz
Telefon: +49-(0)176-23463809
Email: mario AT emmenlauer.de

Wissenschaftliche Interessensgebiete

Biologische und medizinische Signalverarbeitung, 3D und 4D (3D + Zeit), Registrierung von großen Bild-Datensätzen, Fusionierung, Spine- und Neuronentracking. Plattformunabhänige Programmierung in C/C++, Templates, Compiler, 64bit, CPU/GPU Programmierung.

Publikationen

  • M. Emmenlauer, O. Ronneberger, A. Ponti, P. Schwarb, A. Griffa, A. Filippi, R. Nitschke, W. Driever, and H. Burkhardt.
    "Xuvtools: Free, fast and reliable stitching of large 3d datasets"
    Journal of Microscopy (2009) Vol 233 Issue 1 pp. 42--60 (doi:10.1111/j.1365-2818.2008.03094.x)
    Paper (on publisher site, free access) [pdf]

  • M. Emmenlauer, O. Ronneberger, H. Burkhardt, A. Ponti, P. Schwarb, R. Nitschke, and W. Driever.
    "XuvTools: Fast and reliable stitching of large 3D datasets"
    European Light Microscopy Initiative ELMI (2008)
    Poster [pdf]

  • M. Emmenlauer and O. Ronneberger and M. Temerinac and H. Burkhardt and A. Filippi and R. Nitschke and W. Driever
    "Fast Automatic Recombination of Multiple 3D Datasets for Large Volumes and High Dynamic Range (HDR)"
    49th Symposium of the Society for Histochemistry (2007)
    Poster [pdf]

  • Mario Emmenlauer
    "Feature- und Deformationsmodell-basierte Registrierung von 3D Volumendaten von Zebrafischen"
    Diplomarbeit [pdf] [ps.gz], Vortrag [pdf]

Projekte

  • XuvTools: Free, Fast and Reliable Stitching of Large 3D Datasets
    XuvTools ist eine vollautomatische Software zum Stitchen sehr großer 3D Bildstapel von konfokalen Mikroskopen. Für ein optimales Ergebnis wird vorrausgesetzt dass die Bildstapel ohne Verzeichnungen und Verzerrungen aufgenommen worden sind, und einen ausreichenden Überlappungsbereich zwischen benachbarten Bildstapeln aufweisen. Sind diese Vorraussetzungen bei der Aquisition erfüllt, so setzt die Software die Bildstapel vollautomatisch zu einem Mosaikbild zusammen.
    XuvTools wurde mit besonderem Augenmerk auf Geschwindigkeit und Präzision entwickelt, und arbeitet vollkommen automatisch, ohne daß vorher Tiles manuell angeordnet werden müssten.

Lehre

Links, Software



Zuletzt aktualisiert: 2009/08/19, Mario Emmenlauer