Matthias Asal
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Student Research Project

abstract

Diploma Thesis

Segmentierung und Klassifikation dendritischer Spines in 3D Volumendaten.

Dendritische Spines - subzelluläre Strukturen am Dendriten einer Neuronenzelle - spielen in der Neurologisch/Anatomischen Grundlagenforschung eine vielfältige Rolle. Mittels moderner Mikroskopie können Spines in intaktem Gewebe heute gut dargestellt werden, allerdings erfolgt die Auswertung dieser Daten noch manuell und ist daher sehr zeitraubend. Im Rahmen dieser Diplomarbeit sollen Spines in 3D Volumendaten automatisch erkannt, segmentiert und gezählt werden. Die 3D Rohdaten werden mittels konfokaler fluoreszenz Mikroskopie (LSM) gewonnen. Anhand manuell markierter Trainingsdaten soll dann die Struktur und Form der Spines mittels lokaler invarianter Merkmale und Support Vector Maschinen (SVM) automatisch erlernt werden. In einem letzten Schritt sollen die detektierten Spines mittels Markov-Netzwerken segmentiert und dann gezählt werden.